칼슘결핍의 초기 증상은 검은무늬병과 유사하며 결핍정도가 심하지 않을 때는 성장한 잎의 뒷면에 부분적으로 가라앉은 듯한 병반이 생기고 병반 중심부가 갈변 고사하며 병반 주위는 황색 윤문이 생긴다. 병반이 확대되어 서로 달라 붙고 노화가 진전된다. 협실 발달기에 뚜렷한 칼슘결핍 증상은 경엽이 무성해지고 후기 생육기까지 잎이 녹색을 띄며 꽃수가 증가한다. 심하게 결핍되면(포장에서는 드물지만) 뿌리 근단부와 생장점이 고사하고, 불임이 심하여 빈꼬투리(공협)가 많아지며, 종실이 쭈그러지게 되는 한편, 종자내의 어린 싹이 검게 되는데, 이러한 종자는 발아율이 낮아지고 발아 후에도 어린식물이 살아남지 못한다. 종자의 칼슘함량이 낮을 때도 발아율은 낮아진다.
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