플러그 육묘에서는 사용하는 경량혼합 상토는 대부분 병원균이 없거나 사멸시켰기 때문에 비교적 일반 토양상토보다 병 발생의 위험이 적다고 할 수 있다. 또 지상에서 격리된 벤치를 사용함으로써 병의 전파 위험성도 적다고 할 수 獵? 그러나 병은 토양을 통해서만 전파되는 것이 아니고 공기, 관개수, 포트의 재사용 등 다양한 경로에 의해서 발생할 수 있으므로 주의해야 한다.

  1. 모잘록병
     발아 직후부터 어린 묘에 발생하는 병으로 어린묘의 아래 부분이 물에 대친 것처럼 물러진 후 잘록해지면서 쓰러져 결국 죽는다. 또 옮겨 심은 묘에서도 같은 증상이 나타난다. 모잘록병은 주로 라이족토니아균(Rhizoctonia) 피티움(Phytium)균이 주로 관여하여 발생하는 것으로 알려져 있다. 피티움균은 주로 발아하여 줄기가 매우 연약할 때 발생하며, 라이족토니아균은 발아부터 ?섟?심은 묘까지 넓은 시기에 걸쳐 발생하며, 또 고추 이외에 박과, 십자화과, 백합과 등 많은 작물에 모잘록병을 일으킨다.
   육묘 초기에 너무 물을 많이 주어 상토가 과습하게 되었을 때 발생하기 쉬운데 특히 육묘상의 온도가 낮고 일조량이 부족할 때, 묘가 도장하여 연약할 때 많이 생긴다. 일반 농가에서는 겨울에 물방울이 맺히는 필름을 사용할 경우 맺힌 물방울이 오염된 지면에 떨어져 병을 전파시키기도 한다. 균사의 형태로 흙 속이나 자재 기구 등에 월동하여 다음해에 전염원이 된다.
   육묘상 내의 온도가 저온이 되지 않도록 하고, 밤낮의 온도차가 너무 크지 않도록 관리한다. 파종 전에 상토 및 종자를 소독하고 파종 시는 질소가 과다하지 않도록 하고, 물 주기를 억제하여 습도가 높아지지 않도록 적절한 환기에 주의한다. 배수공이 없는 포트는 사용하지 말아야 하며, 소독하지 않은 다른 상토 재료를 임의로 섞어 쓰지 않도록 한다. 일단 발생했을 경우는 적용 약제를 관주해 주는 것도 검토해 볼 만하다. 어떤 원인에 의하여 상토가 오염된 경우 전파력은 파종상자에 육묘한 경우보다 뿌리가 서로 격리된 포트를 이용할 경우가 더 약하다.

   
    그림 1. 파종상자를 이용하여 육묘할 경우(좌)와 플러그 트레이를 이용하여
육묘할 경우 나타난 잘록병(우)


   
    그림 2. 육묘 중 상토의 오염을 막기 위해서는 포트를 토양과 격리시키고 지면도
필름으로 덮어야 함(좌), 육묘기에 나타난 바이러스 이병 증상(우)


  2. 바이러스병(오갈병)
     육묘기에 바이러스에 감염되면 체내 바이러스 밀도가 높아져 정식 후 정상 수확이 어려워진다. 가장 흔히 볼 수 있는 것은 잎에 농록 색과 담록색으로 옅은 부분이 섞여 얼룩무늬 모양을 나타내는 모자이크 병징이다. 주된 바이러스는 담배 모자이크 바이러스(TMV)와 오이 모자이크 바이러스(CMV)이다. TMV는 주로 즙액, 접촉, 종자, 토양 등으로 전염되고 진딧물에 의하여 전염되지는 않는다. CMV는 즙액과 진딧물에 의하여 전염된다.
   바이러스병은 일단 발병되면 치유가 불가능하므로 최선의 방법은 감염되지 않도록 예방하는 것이다. 따라서 육묘기에는 주기적으로 진딧물 방제에 철저를 기해야 하는데 보통 일주일 간격으로 살충제를 뿌려주는 것이 안전하다.

  3. 반점세균병
     잎, 엽병, 줄기에 발생하는 병인데 토마토에서도 기생하여 유사한 병징을 보인다. 잎에 나타난 병징은 잎 뒷면에 약간 동기한 수침상의 작은 반점이 생기고 이 반점들이 확대되거나 합쳐져 원형 또는 부정형의 병반을 만든다. 병반의 중앙부는 암갈색을 띤다. 잎의 앞면은 처음에는 황색을 띠지만 뒤에 갈색으로 변하고 한 여름에는 병반 중앙부가 백색으로 변하기 쉽다. 감염된 잎은 떨어지기 쉽고, 엽병이나 줄기는 처음에는 수침상을 띠다가 뒤에 파괴되어 갈색반점이 된다.
   병원균이 주로 기공으로부터 침입하는데 시설재배에서는 잘 발생하지 않지만 습도가 높고 기온이 20~25℃에서 다발한다. 15℃이하나 30℃이상에서는 거의 발생하지 않는다.

  4. 역병
     역병은 육묘에서 수확기에 이르는 전 생육기간에 걸쳐 발생하고 뿌리, 줄기, 잎, 과실 등에 모두 병을 일으킨다. 묘상에 발생할 경우는 처음 줄기의 아래 부분이 짙은 녹색의 수침상으로 되어 점차 잘록해지고 줄기와 잎은 약간 누르스름해지면서 시들어 말라죽는다. 역병의 발생은 7~9월의 장마와 함께 발생하며, 10월 중순까지 발생을 계속한다.
   역병은 풋마름병(청고병)과 혼동하기 쉬운 병인데 역병은 줄기 아래 부분이 약간 잘록해지면서 그 부분에서 나오는 뿌리들이 썩는다. 그러나 풋마름병은 줄기의 목 부분이 조금 굵어지는 경향이 있고 썩지 않는 것이 역병과 다른 점으로 구별이가능하다. 역병은 Phytophthora라는 곰팡이의 침입으로 일어나는데 병원균은 물을 따라 전파한다.
   벤치를 사용하여 육묘하고 오염된 상토를 사용하지 말아야 한다. 장마기 역병이 발생한 육묘상에는 동수화제 등의 적용 약제를 살포해 준다.
   최근에는 고추 장기간 재배하는 시설재배 포장에서는 역병 저항성 품종을 대목으로하여 접목한 묘의 이용이 증가하는 경향이다. 접목 방법은 주로 핀접이나 할접(짜개접)을 이용한다.

  5. 순멎이 증상
     생장점 부근에 암꽃이 많이 착생하고 생육이 정지되어 순자람이 멈춰버리는 생리장해의 일종으로 흔하게 발생하는 증상은 아니다. 육묘시에는 육묘용 포트의 크기가 작아 상토량이 적거나 지나치게 상토를 건조하게 관리했을 때, 질소가 심하게 결핍되었을 때, 옮겨심기로 뿌리에 상처가 심한 경우에 발생하기 쉽다. 또 짧은 기간이라도 급격한 저온을 받으면 발생할 수 있다.
   육묘시에 지나친 저온이 되지 않도록 보온에 유의하고 정식 후에도 관수, 추비, 보온을 철저히 해야 한다. 순멎이 현상이 발생한 포기는 회복이 어렵다.

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