단호박은 다른 박과류에 비하여 병해충은 적게 발생되나 방제를 소홀히 할 경우 피해가 크다.
특히 시설재배의 경우 환기나 통풍 등 환경관리에 유의하도록 한다.

흰가루병은 고온 건조한 조건에서 발생되기 쉬운데 초세가 약해질 경우 발생이 많아진다.
발병 초기에 병반을 씻는 것처럼 하여 약제를 살포한다.
특히 역병은 다습조건에서 발생하는데 입체재배의 경우 퉁풍이질안되는 지제부에 피해가 많다. 박과나 가지과 채소와의 연작을 피하도록 한다.

잿빛곰팡이병은 아침·저녁의 냉기와 과습이 발생의 원인이므로 저온이 되지 않도록 하고 주간에는 환기를 한다.
또한 이병은 시든 꽃잎에서부터 시작되므로 교배시킨 수꽃이나 암꽃의 꽃잎을 모아 하우스 바깥으로 버리는 등 포장 위생관리를 철저히 하도록 한다.

재배상 치명적인 장해가 되는 바이러스는 진딧물을 철저히 방제해야하며 육묘시 부터 망사피복을 하도록 하며 이병된 포기는 즉시 제거하고 적심이나 적엽을 할 때에 전염되지 않도록 가위 등은 소독을 하여 사용토록 한다.
질소과다나 비절이 될 경우 갈반세균병의 발생도 우려되므로 양·수분 관리에도 유의한다.

 

그림 1. 지제부에 발생된 역병 

 그림 2. 과일에 나타난 바이러스 증상

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