단호박의 저장 시 가장 크게 문제가 되는 것은 과실의 부패와 껍질이
누렇게 변하는것으로 이 점을 유념하셔서 저장을 해야 합니다.
국내 단호박 재배는 5월에 이식하여 7~8월에 수확하는 작형이 대부분으로
수확철이 장마철과 겹쳐 일조 부족과 고온다습한환경으로 인해   품질좋은 과실을
생산하기 쉽지않으며 토양에 존재하던 병균이 쉽게 과실에 감염될 수 있습니다.
또한 저장 중의 환경도 부패를 일으키는 균들이 증식하기에 좋은 조건이므로 저장성이 떨어집니다.
수확된 과실의 저장력을 증진시기키 위해 과실을 락스 200ppm(물 1리터 당 락스 5ml 첨가)을 침지. 또는 거즈에 묻혀서 닦아주면 부패균을 살균하는 효과가 있습니다만, 장기 저장의 효과는 크지 않습니다. 
 장기 저장을 위해서는 우선 수확 후 꼭지를 되도록 짧게 잘라서 1주일 정도 충분히 그늘에서 말려주는것이 좋습니다.
상처가 있거나 오염이 많이 된 과실은 저장 중 부패성 병원균에 의해 쉽게 부패되며, 부패된 과실에서는 다량의 에틸렌이 발생하여 과실의 황변을 촉진하게 됩니다.
저장 시 사과나 채소류 등과 함께 보관을 할 경우 다량의 에틸렌이 발생됨으로 조심해야합니다.
저장에 앞 서 저장고의 소독을 철저히 해야 합니다. 저장고 내에는 눈에 보이지 않는 여러 가지 미생물이 존재하므로 락스 등을 이용하여 철저하게 소독을 하고, 소독 후 반드시 하루 정도는 충분히 환기를 시켜야 합니다. 저장고 내의 온도를 12~13℃ 정도로 유지해 주되, 이틀에 한번은 충분히 환기(30분 정도)를 시켜 누적된 탄산가스와 에틸렌의 농도를 낮추는 것이 중요합니다.
 저장시 과실을 여러 겹으로 포개어 쌓게 되면 눌려 상처를 받을 염려가 있으며,
썩은과실을 골라내기가 곤란합니다.
그러므로 과실 상자 등에 담아 보관하는 것이 좋으며, 수시로 과실을 관찰하여 썩은 것은 즉시 골라내야 다른 과실에 피해를 주지 않습니다.
보관시 받침대를 사용하면 상품성과 생산률을 높일 수 있습니다.

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